Na srie, dois gnios da robtica, Dr. Albert Wily e Dr. Thomas Light, criam uma nova gerao de robs superior a quaisquer outros j criados. Ento, Wily, ex-scio de Dr. Light (criador de Mega Man), vendo o incrvel potencial dos robs, comea a imaginar que, com eles sob seu comando, poderia ter um enorme poder nas mos. Ao compartilhar seus planos de domnio com Light e ter retorno negativo, rouba seu projeto inicial, Protoman (Blues, no original), para servi-lo, junto com outros robs.
Dr. Light, ento, cria Rock, um rob ajudante de laboratrio e Roll, uma ajudante domestica, . Quando Wily resolve usar os Robs para cometer terrorismo, Light resolve transformar Rock num rob de batalha na tentativa de deter Wily. Surge ento Mega Man, o rob azul que sempre estraga os planos malignos de Wily.
Os dois primeiros pargrafos so um resumo das histrias de cada jogo, somente lanados para o console NES (Mega Man 1 - 6).
Algum tempo depois, Dr. Light cria um novo rob chamado X. X era um rob muito forte, e por isso ele tinha capacidade para desrespeitar as 3 leis da robtica. Com medo, Dr. Light resolve deixar X armazenado em uma cpsula para que no futuro a humanidade tenha melhor controle sobre os robs. Por isso, essa criao s despertada um sculo depois pelo explorador Dr. Cain. A tecnologia de X era avanada mesmo para aquela poca e deu origem a um novo tipo de robs chamados reploids. Alguns reploids, porm, revoltaram-se contra a humanidade, eles foram chamados de Mavericks. Cabe a X e aos Maverick Hunters, (caadores de Mavericks) parar essa ameaa. O novo vilo da srie Sigma.
Em Mega Man Zero, o jogo muda: X (o original) est desaparecido e sua cpia perfeita controla uma cidade onde a paz mantida à fora. Ciel, a lder dos rebeldes, lidera uma expedio para encontrar o lendrio Reploid, Zero. Encontrado em estado de animao suspensa, Zero trazido de volta à vida por Ciel e logo em seguida une-se a ela e à Resistncia contra o Copy X. Zero tambm se depara com os 4 guardies: Harpuia, Leviathan, Fefnir e Phantom.
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