Na série, dois gênios da robótica, Dr. Albert Wily e Dr. Thomas Light, criam uma nova geração de robôs superior a quaisquer outros já criados. Então, Wily, ex-sócio de Dr. Light (criador de Mega Man), vendo o incrÃvel potencial dos robôs, começa a imaginar que, com eles sob seu comando, poderia ter um enorme poder nas mãos. Ao compartilhar seus planos de domÃnio com Light e ter retorno negativo, rouba seu projeto inicial, Protoman (Blues, no original), para servi-lo, junto com outros robôs.
Dr. Light, então, cria Rock, um robô ajudante de laboratório e Roll, uma ajudante domestica, . Quando Wily resolve usar os Robôs para cometer terrorismo, Light resolve transformar Rock num robô de batalha na tentativa de deter Wily. Surge então Mega Man, o robô azul que sempre estraga os planos malignos de Wily.
Os dois primeiros parágrafos são um resumo das histórias de cada jogo, somente lançados para o console NES (Mega Man 1 - 6).
Algum tempo depois, Dr. Light cria um novo robô chamado X. X era um robô muito forte, e por isso ele tinha capacidade para desrespeitar as 3 leis da robótica. Com medo, Dr. Light resolve deixar X armazenado em uma cápsula para que no futuro a humanidade tenha melhor controle sobre os robôs. Por isso, essa criação só é despertada um século depois pelo explorador Dr. Cain. A tecnologia de X era avançada mesmo para aquela época e deu origem a um novo tipo de robôs chamados reploids. Alguns reploids, porém, revoltaram-se contra a humanidade, eles foram chamados de Mavericks. Cabe a X e aos Maverick Hunters, (caçadores de Mavericks) parar essa ameaça. O novo vilão da série é Sigma.
Em Mega Man Zero, o jogo muda: X (o original) está desaparecido e sua cópia perfeita controla uma cidade onde a paz é mantida à força. Ciel, a lÃder dos rebeldes, lidera uma expedição para encontrar o lendário Reploid, Zero. Encontrado em estado de animação suspensa, Zero é trazido de volta à vida por Ciel e logo em seguida une-se a ela e à Resistência contra o Copy X. Zero também se depara com os 4 guardiões: Harpuia, Leviathan, Fefnir e Phantom.
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